La déforestation, des pratiques agricoles inadaptées, les feux de forêt, le surpâturage et les pressions démographiques comptent parmi les principales causes de dégradation de la forêt et de l’eau dans le pays. Une étude menée par l’Agence internationale de coopération du Japon (JICA) a révélé que le taux de déforestation annuel entre 2003 et 2010 était de 1,73 %. Si cette tendance alarmante devait se poursuivre, 17,3 % de la forêt du pays auraient disparu en 2071, et toutes les forêts du Timor-Leste en 2071.